以前，發現肝癌通常已經是末期，隨著醫學的進步，最近十幾年來已能早期發現，如果有B、C肝的人，有定期追蹤檢查，只要發現得早，就有很多方法可以治療。在 選擇治療方法時，會考慮腫瘤大小、生長位置、數量、是否有肝硬化、肝臟外轉移或其他身體狀況等，肝膽腸胃科醫師會做完整的評估。
肝癌的治療包括手術切除、電燒、酒精注射、血管栓塞、標靶治療、免疫療法、肝臟移植等。 一般定期追蹤檢查所發現的肝癌，大多在三公分以下，手術切除是第一優先選擇，早期發現、早期切除腫瘤的病人，治療效果往往也較好。電燒療法也是適用於三公分以下、數量在三顆以下的小型肝癌。電燒是在超音波或電腦斷層的監控下，將電燒探針從皮膚直接穿刺到腫瘤部位，針對該範圍進行加熱，達到破壞腫瘤細胞的目的。
至於酒精注射，是在超音波的導引下，將純度百分之九十五以上的無水酒精，經由細長針直接穿刺注射到肝腫瘤內部，使肝癌細胞缺氧、壞死，達到治療的目的。肝癌小於三公分且數目在三個以下，才可考慮做酒精注射治療。近年來發展的電燒治療所需的治療次數較少，酒精注射慢慢的被電燒治療所取代。
還有一個方法就是血管栓塞，把肝癌的血管堵死，讓肝癌壞死，稱為栓塞治療。正常肝臟所需的營養由肝動脈與肝門靜脈兩大系統供應，其中百分之八十來自肝門靜脈，而肝癌的血流供應是來自肝動脈，所以，以栓塞療法阻斷肝動脈的血流，癌細胞就會餓死，並把化學治療藥物直接送到肝癌細胞。要接受栓塞治療必須符合一些條件：肝門靜脈通暢，肝功能指數不能太差，不能有嚴重的凝血問題，腫瘤大小以不超過五公分者，治療效果較佳。
單次栓塞能讓腫瘤完全壞死的機率不高，所以不少患者必須接受多次治療，栓塞治療的效果比不上手術切除或電燒。此外， 近年還發展出肝動脈灌注化療、載藥微球栓塞化學治療、選擇性體內放射療法、標靶治療等，最近幾年的免疫療法在治療肝癌上有很大的進展。醫師會依據病人狀況選擇最合宜的治療方式，若肝功能不佳且肝癌病情尚可，會建議考慮接受肝臟移植，前提是要有肝臟可供使用。
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